Доброго дня. Магазин у нас есть, работает. Проблема в другом: заявки приходят на почту, менеджеры копируют их в таблицу, склад смотрит третий файл. При любом сбое начинается поиск виноватого.

Ваша боль не в магазине, а в том, что между ним и складом пустота, которую закрывают люди. Подходить надо от процесса: описать, какие статусы проходит заказ, кто их меняет и что должно происходить автоматически. Дальше уже выбирается инструмент. Посмотрите материал https://businessaxis.ru/blog/razrabotka-internet-magazina-arhitektura про связку магазина с учётом, там разложено по слоям. И требуйте, чтобы подрядчик отвечал за работающий процесс, а не за факт установки, разница принципиальная. И не запускайте всё разом: сначала один процесс от начала до конца, потом остальные, так проще ловить ошибки и не растягивать проект на месяцы.